Vilniaus universiteto Ekonomikos fakultetas kartu su Vilniaus universiteto Kauno humanitariniu fakultetu vykdo Ekonomikos ir Vadybos ir administravimo krypčių doktorantūros studijas bei teikia šių krypčių mokslinius laipsnius.

Aukščiausios mokslinės kvalifikacijos ekonomikos bei vadybos ir verslo administravimo mokslo kryptyse šiuo metu siekia 43 Ekonomikos fakulteto doktorantai. 2012 metais fakultete jau apgintos 8 daktaro disertacijos.

Priėmimas į doktorantūrą vyksta pagal bendras priėmimo į doktorantūros studijas taisykles. Pretendentai teikia mokslinio darbo projektus, teigiamai įvertintųjų projektų autoriai kviečiami atrankos pokalbiui. 2012 metais į doktorantūros studijas ekonomikos fakultete buvo priimta 10 doktorantų.

Siekiant stiprinti doktorantūros studijų ir antrų – ketvirtų metų doktorantų priežiūrą, 2010 m. fakultete aktyvią veiklą vykdė Ekonomikos fakulteto doktorantūros komisija. Komisiją sudaro septyni nariai: šeši EF katedrų vedėjai ir prodekanas, atsakingas už doktorantūros studijas fakultete. Komisija savo funkcijas vykdo rengdama posėdžius, kuriuose priima nutarimus (susijusius su antrų – ketvirtų metų doktorantų ataskaitomis bei pasirengimu disertacijų gynimui) ir teikia juos tvirtinti VU EF tarybai.

Kita vertus, nuo 2010 metų priėmus naują VU Mokslo doktorantūros reglamentą, kartu su Kauno humanitariniu fakultetu buvo suformuoti du doktorantūros komitetai (Vadybos ir administravo krypties (14 narių) ir Ekonomikos krypties (15 narių)), kurių pagrindinės funkcijos yra teikti Rektoriui disertacijų tematiką priėmimo į doktorantūrą konkursui; teikti Rektoriui tvirtinti stojamojo į doktorantūrą komisijas; tvirtinti mokslo doktorantūros studijų planus; tvirtinti priimtų į doktorantūrą doktorantų individualius studijų ir mokslinių tyrimų planus; teikti Rektoriui tvirtinti doktorantų mokslinius vadovus; vykdyti doktorantų atestaciją ir rengti jos dokumentus; svarstyti pateiktą disertaciją ir priimti sprendimą dėl jos teikimo viešam gynimui; teikti Rektoriui tvirtinti daktaro disertacijos gynimo tarybos sudėtį; užtikrinti ginamų disertacijų mokslinį lygį ir kt. Komitetai vykdo nuo 2010 metais įstojusių doktorantų doktorantūros studijų priežiūrą.